四「湛蓝十三：水下考古永续传承展」：探索海底的历史故事
这是十三行博物馆相当值得关注的常设展之一，展览主要介绍水下考古的发展、研究方法及文化资产保存观念，让民众了解考古人员如何探索海洋及水下遗址。
在展览中，可以认识水下考古调查的工作方式，以及科技设备如何协助研究人员记录与保存水下文化资产。
部分展示也结合海底隧道及虚拟实境等体验形式，让参观者能以不同角度认识水下考古。
如果平常对海洋、沉船及海底历史有兴趣，这个展览非常值得安排。
五「八里时光机」：认识八里的历史与地方文化
除了十三行文化之外，博物馆也将展示内容延伸至八里地区的历史发展。
透过「八里时光机」相关展示，可以进一步认识八里地区的自然环境、历史变迁及地方文化。
八里位於淡水河出海口附近，过去具有重要的河海交通与聚落发展条件，因此当地的历史不只有史前文化，也包含不同时期的人类活动及地方产业发展。
透过这个展览，可以了解八里如何从早期聚落逐渐发展成今日具有文化观光特色的地区。
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